A comienzos de septiembre de 1936, las fuerzas navarras del Ejército nacionalista conquistaron Irún, privando así al País Vasco de contacto con la frontera francesa. Poco después ocuparían casi toda la provincia de Guipúzcoa, de manera que el único tráfico posible con el resto del mundo del País Vasco (y toda la zona Norte de España) era por barco o por vía aérea. Se creó una compañía aérea para enlazar Bayona con Bilbao, que usaba los serviciales bimotores Envoy.

Esta línea aérea vasca seguía más o menos la ruta de la antigua Compañía Franco-Bilbaína de Transportes Aéreos, pero esta vez no se trataba de viajes de placer, sino de la supervivencia de la República de Euzkadi más o menos dentro de la República española. La matrícula francesa de los aviones de Air Pyrénées no les salvó de los ataques de la aviación nacionalista, que derribó dos de sus aparatos. Al caer la zona Norte en manos de Franco, los aviones supervivientes de la compañía pasaron a LAPE.